Episodes 1 et 2, pilote
Dans cet épisode, nous retrouvons notre bon Général O'Neill qui vient chercher un gamin accroc aux jeux vidéo chez lui. Eli, par le biais de ce jeu, a résolu une énigme vieille de plusieurs milliers d'années et que le savant de ce nouvel opus, Dr Rush, n'est pas parvenu à résoudre. C'est ainsi qu'Eli est téléporté sur un vaisseau spatial et qu'il est intégré à l'équipe.
Il se retrouve sur la base d'Icare où le Dr Rush essaye désespérément de faire fonctionner le neuvième chevron, en puisant dans le coeur de la planète.
Bien entendu, un petit problème va survenir : l'alliance Lucian attaque la base. Le Colonel Carter, qui dirige l'un des vaisseaux, tente de contenir le flux, mais de nombreux tirs atteignent la base. L'évacuation est commandée. Evidemment, une petite partie du personnel, civils et militaires, se trouvent coincés et n'ont d'autre solution que de prendre la porte des Etoiles : c'est ainsi qu'ils se retrouvent à bord d'un vaisseau spatial étrange.
Le vaisseau est en très mauvais état et les systèmes de survie sont en train de lâcher. Impossible de rouvrir la porte pour contacter la Terre ou pour quoi que ce soit d'autre. Ils sont bel et bien prisonniers du vaisseau, sans savoir ce qu'il est ni où ils se trouvent.
De fil en aiguille, ils découvrent qu'il s'agit d'un vaisseau des Anciens, programmé pour déposer des portes des étoiles de galaxies en galaxies. Ils se trouvent à des milliers d'années lumière de la Terre, dans une lointaine galaxie inconnue. Ils ne savent pas où ils vont et les systèmes vitaux lâchant les uns après les autres, ils vont peut-être mourir... De nombreux trous défigurent en effet la coque. L'épuration d'air se fait déjà très mal mais en plus le peu d'air qu'ils ont est en train de s'évader dans l'espace. Il faut sacrifier quelqu'un pour aller sceller la porte, qui ne peut l'être bien entendu que de l'intérieur de la navette endommagée. Sans espoir de retour pour le volontaire.
Quelques disputes plus tard, le Sénateur de Californie, mal en point, décide de se sacrifier pour permettre à sa fille de survivre. Il va clore la porte. Emotion et larmes, évidemment.
A la fin de l'épisode, grâce à l'acte du Sénateur, ils ont gagné une journée. Le Dr Rush a entré quelques données dans le vaisseau si bien que celui-ci les connecte à une planète qui leur permettra peut-être de trouver de quoi épurer l'air. Il faut monter une équipe pour l'envoyer sur cette planète.
C'est ainsi que prend fin le pilote, annonçant le début du troisième épisode.