Un début de saison qui comprend le sauvetage de Teyla retenue prisonnière par Michael. Fort heureusement le Dédale parvint à détruire son croiseur. La 5e saison marque un évènement de taille puisque nous apprenons le retour inattendu d'une civilisation très très familière mais qui ne sera pas de notre côté ! Daniel Jackson fera une apparition lors des épisodes de la mi-saison et le Docteur Beckett sera aussi présent dans quelques épisodes. Le Wraith Todd demandera au Docteur Jennifer Keller d'inoculer à ses congénères le rétrovirus mais l'expérience aura malheureusement des effets secondaires. La fin de la saison et de la série se marque par l'attaque d'un "super vaisseau ruche" (amélioré par plusieurs EPPZ) sur la Terre !!!