La cité est fortement endommagée et toujours à la dérive dans l'espace. Le Docteur Weir est blessée mortellement. Un EPPZ est volé aux Asurans afin de pouvoir poser la Cité sur la planète la plus proche. Le Colonel Samantha Carter devient chef de l'expédition. McKay réussit à reprogrammer les Asurans pour qu'ils s'attaquent aux Wraiths. Au milieu de la saison, une coalition de flottes terriennes, Wraiths et Travelers détruit la planète des Asurans ainsi que les Asurans, mais le croiseur mené par le Docteur Weir a survécu. Michael fait son retour en enlevant Teyla. C'est aussi le grand retour du Docteur Beckett.
Sujet: Saison 4