Episode 1 - Menace sur la Terre
Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les deux vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort suite à l'attaque de son F302. Il décide d'entreprendre une mission afin de libérer McKay et Ronon qui sont toujours emprisonnés par les Wraith. De son côté, Weir, qui s'est rendue au SGC, tente de mettre en place un plan d'attaque afin d'empêcher les vaisseaux ruches Wraith d'arriver sur Terre
Episode 2 - Transformation
Sheppard et son équipe sont de retour à Atlantis en possession du vaisseau ruche Wraith dont ils se sont emparés pour s'échapper. Le Dr Weir félicite son équipe pour son succès dans la lutte contre les Wraith et leur présente Richard Woolsey qui l'a accompagnée pour l'évaluer dans son travail à la tête de l'expédition. Reste maintenant à déterminer le sort des 200 Wraith qui ont été capturés et humanisés par l'équipe du docteur Beckett.
Episode 3 - Irresistible
L'équipe du colonel Sheppard explore un petit village où les habitants semblent mener une vie tranquille et remplie d'insouciance. Lucius, le chef charismatique et respecté par sa congrégation propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçu contre certaines technologies d'Atlantis.
Episode 4 - Face à face
En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment sur cette expédition. Ils arrivent dans un petit village où les habitants, pris de terreur en les voyant, ouvrent le feu et blessent McKay. Ils retournent à la Porte des étoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, laissant ses coéquipiers inertes sur la planète.
Episode 5 - Copies conformes
Le docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation des habitants ressemble à s'y méprendre à celle des anciens. Excités par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asuran.
Episode 6 - Le monde réel
Le docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Mais très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle.
Episode 7 - Intérêts communs
Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.
Episode 8 - La guerre des génies
Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeannie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC pour les aider à résoudre un problème délicat.
Episode 9 - La machine infernale
Sheppard informe la base que l'équipe du Major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont du faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille.
Episode 10 - Exil forcé 1/2
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et luimême sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?
Episode 11 - Exil Forcé 2/2
L'équipe doit libérer O'Neill et Woolsey, tous deux prisonniers des Asuran occupant Atlantis.
Episode 12 - Le chant des baleines
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour de la ville, les habitants d'Atlantis sont victimes de symptômes inquiétants. De son côté, Teyla a des visions dans lesquelles les Anciens, récemment massacrés par les Réplicateurs, semblent essayer de la prévenir d'un danger. Dès lors, une question se pose : les baleines sont-elles ici pour entrer en contact avec les habitants ou pour les attaquer ?
Episode 13 - Invincible
Quand Sheppard et son équipe entendent parler des exploits d'un grand guerrier, ils entreprennent de le retrouver dans l'espoir d'en faire un nouvel allié. Contre toute attente, leurs recherches vont les amener à recroiser deux vieilles connaissances...
Episode 14 - Le péril de la sagesse
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par un rayon émis par un mystérieux appareil. Il s'aperçoit qu'il détient à présent des super-pouvoirs. Mais sa joie est de courte durée : les effets de sa mutation pourraient lui être mortels. L'équipe doit trouver un moyen pour sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard...
Episode 15 - Les jeux sont faits
Pour passer le temps, Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'un jeu de stratégie en temps réel qu'ils ont découvert sur Atlantis. Mais, à leur grande surprise, ils apprennent que ce jeu a une véritable influence sur les habitants de deux villes d'une autre planète. Il faut désormais mettre fin à la guerre qui a débuté entre les deux cités concurrentes... Une mission diplomatique plus délicate qu'il n'y paraît...
Episode 16 - Ames en détresse
L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation placés en état de stase dans une station spatiale. Mais lorsqu'un des scientifiques est réveillé par l'équipe Atlantis, les problèmes du passé ressurgissent et risquent de mettre en danger la vie de tous ceux qui se trouvent à bord de la station
Episode 17 - Une question d'éthique
Alors que la cité est paisible et que tout le monde vaque à ses occupations, une explosion retentit, faisant de nombreux dégâts. L'origine serait une tumeur explosive et Beckett compte tout faire pour qu'il n'y ait pas d'autre victime... en négligeant sa propre sécurité.
Episode 18 - Immersion
L'équipe Atlantis part à la recherche d'une source d'énergie dans l'océan de Lantea. L'exploration de la station géothermale commence, mais Teyla détecte la présence d'un Wraith
Episode 19 - Equilibre parfait
L'équipe Atlantis remarque qu'elle n'a pas eu de nouvelles des Taraniens depuis très longtemps et décide d'enquêter. Mais les Taraniens ont disparu de leur village. Servant de cobayes pour d'étranges expériences, certains semblent avoir été victimes de l'insecte Iratus...
Episode 20 - Nom de code : horizon
Le Colonel Abe Ellis arrive à Atlantis dans un nouveau vaisseau, l'Apollo, et avec une nouvelle mission. Le docteur Weir redoute cette opération qui risquerait de déclencher une guerre contre un ennemi très puissant. Quand la mission prend un mauvais tournant, Weir doit trouver une solution pour sauver Atlantis
Sujet: Saison 3