Episode 1 - Sous le feu de l'ennemi
Grâce aux technologies ?hasgardes? d'Hermione et à l'assistance du Dédale du Colonel Cadwell, Sheppard est sauvé et le bouclier protecteur d'Atlantis est activé avec succès. Mais la bataille n'est pas terminée car d'autres vaisseaux Wraith sont en approche. Teila et Ford, portés disparus, sont maintenant hors de danger ; excepté Ford, dont l'organisme est fortement perturbé par l'ennemi...
Episode 2 - I.A.
Depuis la fuite de Ford dans l'espace, le croiser Dédale est infecté par un virus informatique Wraith prenant le contrôle des commandes. Après plusieurs tentatives risquées de réinitialisation et deux morts à déplorer, McKay et son équipe sont en échec face à ce virus mutant, les menant droit vers un bastion Wraith. Lors d'une rencontre organisée sur Terre entre membres d'Atlantis et de SG-1, le Dr.Weir apprend que le Pentagone favorise Cadwell pour commander le contingent militaire sur Atlantis, Sheppard étant indiscipliné etincontrôlable.
Episode 3 - Chasse à l'homme
Sheppard et son équipe se lancent sur les traces du lieutenant Ford, réfugié sur une planète au climat équatorial. Sur place, Sheppard et Teila sont capturés par " un coureur " que les Wraith pistent et chassent pour le plaisir. Ford surprend McKay qui constate l'étendue de ses pouvoirs aliènes. Mais le déserteur réussit à échapper à la mission tandis que Ronon le coureur est recueilli sur le SGC.
Episode 4 - A coeurs perdus
En exploration sur une planète, le docteur Mckay et le lieutenant Laura Cadman se font aspirer dans un vaisseau Wraith que l'équipe de Sheppard s'empresse d'abattre. Retenus tous deux prisonniers dans le système de l'appareil, Zelenka parvient seulement à rematérialiser McKay. Cadman, ayant été transférée dans l'esprit du docteur, prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Une expérience de vie insolite et dangereuse pour les deux...
Episode 5 - Les Condamnés
En s'écrasant sur une planète laissée étonnement indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une île pénitentiaire à proximité de la porte de étoiles où finalement l'ennemi opère ses sélections en toute quiétude parmi les rebus de la cité Olésianne. Sans nouvelle de son contingent, Weir part à la rencontre du dirigeant du peuple, Le Juge.
Episode 6 - L'Expérience Interdite
Lors d'une exploration de routine, dans un cimetière de vaisseaux Wraith, un avant-post de l'armée des Anciens est découvert, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un cuisant échec mais McKay s'obstine en prenant de grands risques. Pendant ce temps, Ronon Dex apprend qu'une infime partie de son peuple a survécu à l'attaque Wraith, notamment son ancien chef militaire.
Episode 7 - Instinct
Dans la galaxie de Pégase, Sheppard et son équipe partent en chasse d'un wraith qui terrorise un village depuis une décennie. A leur grande surprise, ils découvrent une femelle élevée en secret par un villageois prétendant avoir fabriqué un breuvage humanisant la créature. Intéressé pour l'élaboration son virus, Beckett étudie Ellia, prête à tout pour prendre forme humaine. Mais d'autres cadavres sont retrouvés et la population s'embrase.
Episode 8 - Mutation
Sheppard se transforme progressivement en Wraith après avoir été attaqué par une de ces créatures. En dépit des efforts du docteur Carson et de l'équipe, le processus de mutation se poursuit irrémédiablement. L'heure est grave pour Sheppard, seul à pouvoir sauver sa vie...
Episode 9 - L'Aurore
Dans un système solaire lointain, l'équipe de Sheppard localise un vaisseau de guerre des Anciens, nommé l'Aurore. A son bord, l'équipage au complet maintenu artificiellement en vie depuis 10 000 ans. Quand McKay découvre un système permettant aux membres de communiquer entre eux, Sheppard décide de l'infiltrer afin d'obtenir toujours plus d'informations sur la civilisation disparue.
Episode 10 - L'L'union fait la force - 1ère partie
Le lieutenant Ford, réfugié sur une planète où il est devenu le chef d'une équipe de super soldats dopés à l'enzyme Wraith, force Sheppard et son équipe à participer au sabordage d'un vaisseau ruche ennemi.
Episode 11 - L'L'union fait la force - 2ème partie
McKay tente de prévenir le docteur Weir du danger encouru par Sheppard, Teyla et Ronon, qui, sur les ordres de Ford, sont partis saboter un vaisseau Wraith.
Episode 12 - Tempus fugit
La curiosité du colonel Sheppard l'entraîne dans un monde parallèle où le temps est dilaté. Un peuple y vit, bloqué, avec comme unique possibilité de salut l'ascension spirituelle. Le docteur McKay doit sauver le colonel, soumis à un vieillissement prématuré, avant qu'il ne soit trop tard !
Episode 13 - Masse critique
Une bombe posée sur Atlantis par un membre de la Confrérie, infiltrée par les Goa'uld, explosera dès la prochaine activation de la porte des étoiles. Le Dédale prête alors assistance à la base du docteur Weir, déterminée à démasquer le traître embarqué dans leurs rangs.
Episode 14 - L'ivresse des profondeurs
Le docteur McKay se retrouve prisonnier des profondeurs aquatiques, enfermé dans un Jump. Samantha Carter est la seule capable de sauver le docteur claustrophobe.
Episode 15 - La tour
L'équipe de Sheppard découvre une réplique de la cité d'Atlantis sur une planète de la galaxie de Pégase. Un seigneur protecteur a institué un système féodal et menace le peuple asservi grâce aux technologies des Anciens. Le roi étant proche de la mort, Sheppard, capturé, paraît être l'unique solution génétique pour maintenir la lignée des oppresseurs...
Episode 16 - Possédés
Ramené sur Atlantis, un couple de prétendus combattants ennemis, retrouvés dans des caissons de survie dérivant dans l'espace, dupe Weir et Sheppard et utilise leur corps pour terminer leur lutte sans merci jusqu'à ce que mort s'en suive...
Episode 17 - Coup d'état
Alors que le major Lorne disparaît dans des circonstances étranges, le bras droit du chef Genii, Ladon, propose un marché à Atlantis pour utiliser sa force militaire et effectuer un coup d'Etat. L'armistice signée avec ce vieil ennemi touche bientôt à sa fin...
Episode 18 - Traitement de choc
Michael se réveille amnésique dans le laboratoire du docteur Beckett et suspecte bientôt l'équipe d'Atlantis de l'avoir utilisé comme cobaye pour tester leur virus qui transformerait tout Wraith en être humain...
Episode 19 - Inferno
L'équipe de Sheppard tente d'évacuer le peuple taranien qui puise son énergie du supervolcan sur lequel leur base a été bâtie. Mais le volcan se réveille...
Episode 20 - Les alliés
Atlantis scelle une alliance avec une faction rebelle Wraith, menée par Michael, pour anéantir les autres Wraith, avec qui ils sont en guerre civile. Mais soudain la faction se ravise, McKay et Ronon sont retenus prisonniers et Sheppard disparaît sous les feux de l'ennemi. Durant leur fuite, les Wraith ont téléchargé les données de localisation de la Terre...
Sujet: Saison 2